Die Kommission für Auswärtige Angelegenheiten der Europäischen Union beobachtet und erarbeitet Stellungnahmen, Beiträge und Aktivitäten zu der aktuellen EU-Politik und der öffentlichen Debatte zur EU-Außenpolitik. Diese beinhaltet das Pflegen guter Beziehungen zu Drittländern und internationalen Organisationen, basierend auf den Werten der Europäischen Union, die Förderung der Menschenrechte weltweit, die Entwicklung einer gemeinsamen Außen- und Sicherheitspolitik, die Handelspolitik der EU, die EU-Nachbarschaftspolitik sowie die Politik der Entwicklungszusammenarbeit und der humanitären Hilfe. Diese Kommission gilt zugleich als ad-hoc Arbeitsgruppe von Iustitia et Pax Europa.

Präsident der Kommission ist Bischof Rimantas Norvila, Bischof von Vilkaviškis (Litauen); Sekretär ist Marek Misak (Juristischer Referent für Auβenpolitische Fragen); Die Mitglieder sind Experten die von den EU-Bischofskonferenzen delegiert werden. Der Generalsekretär von Iustitia et Pax Europa und Berater im COMECE-Sekretariat Stefan Lunte ist ex officio Mitglied dieser Kommission.