Das ständige Sekretariat stellt die Kontinuität der Arbeit der COMECE sicher. Es hat seinen Hauptsitz in Brüssel. Ein kleiner Stab von Mitarbeitern beobachtet und analysiert die Entwicklungen in der EU-Politik und Initiativen und will zu den relevanten Prozessen beitragen. Das Sekretariat berichtet dem Ständigen Ausschuss und an die Vollversammlung. Der aktuelle Generalsekretär ist Manuel Enrique Barrios Prieto. COMECE wird unterstützt von einer Anzahl von Kommissionen und Arbeitsgruppen mit delegierten Experten aus den nationalen Bischofskonferenzen und aus katholischen Organisationen. Wenn notwendig, können ad hoc Expertengruppen eingesetzt werden.