La COMECE soutient une politique ambitieuse et cohérente en matière de droits de l’homme fondée sur la dignité transcendante de chaque être humain. Tout en embrassant la vision que le droit fondamental et inaliénable à la liberté religieuse est la pierre angulaire de tous les droits humains, la COMECE soutient l'idée que les décideurs et les dirigeants de l'UE doivent accorder une attention particulière à ce droit fondamental, en particulier dans le cadre de ses relations extérieures. Pour promouvoir la liberté religieuse et, plus généralement, la paix, la justice et la liberté, la COMECE est également engagée dans des dialogues œcuméniques, interculturels et interreligieux.
La COMECE a accompagné Sa Béatitude le Cardinal Louis Raphaël Sako I, patriarche de l’Église catholique chaldéenne, lors de ses deux jours de visite en Europe pour aborder avec des représentants de l’UE et des décideurs politiques la reconstruction de l’Irak et le défi de la réconciliation entre les irakiens.
La COMECE exhorte l’UE à aider le peuple syrien à surmonter leurs besoins humanitaires immédiats et à promouvoir sa résilience à long terme. L’appel a été lancé mercredi 3 avril 2019 pendant la conférence « Le lendemain en Syrie : un chemin vers la résilience du peuple syrien » co-organisée au Parlement européen par la COMECE et ses partenaires œcuméniques et politiques.
Le 28 janvier 2019, une délégation d'Églises européennes a rencontré à Bucarest le Ministre roumain des Affaires étrangères, Teodor-Viorel Meleșcanu, pour un échange de vues sur les priorités de la présidence roumaine du Conseil de l'UE.
