Le secrétariat de la COMECE est assisté par des commissions et des groupes de travail composés d’experts des conférences épiscopales nationales et des organisations catholiques travaillant dans les domaines concernés. Des groupes d’experts ad hoc peuvent être mis en place lorsque nécessaire.

• Commission Affaires sociales
• Commission Affaires juridiques
• Commission Affaires extérieures de l'Union européenne
• Groupe de travail sur la migration et l’asile
• Groupe de travail sur l’éthique